Χτισμένο τον 18ο αιώνα, το ελαιοτριβείο στο οποίο στεγάζεται το Μουσείο Ελιάς και Λαδιού εκτιμάται ότι ήταν το παλαιότερο από τα έξι που είχε κάποτε ο Βατόλακκος. Σήμερα, αποτελεί πλέον το μοναδικό δείγμα προβιομηχανικής αρχαιολογίας στον Νομό Χανίων και, σύμφωνα με τους ειδικούς, είναι σύγχρονο της ιστορικής Μονής Αρκαδίου στο Ρέθυμνο.

Λόγω αυτών των χαρακτηριστικών, το κτίριο κρίθηκε διατηρητέο μνημείο από τη 13η Εφορία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων του Υπουργείου Πολιτισμού. Είναι ενδιαφέρον ότι αρχικά θεωρήθηκε μεταγενέστερο και την κήρυξή του ανέλαβε η Εφορεία Νεωτέρων Μνημείων. Όμως, οι αρχιτεκτονικές και κατασκευαστικές ιδιαιτερότητές του οδήγησαν τους ειδικούς στο συμπέρασμα ότι πρόκειται για πολύ προγενέστερο κτίριο.

Σκοπός της αποκατάστασης του κτιρίου ήταν η επαναφορά της αρχικής μορφής του και η αναβίωση της «φάμπρικας», όπως αποκαλούνταν παλαιότερα στην Κρήτη τα ελαιοτριβεία. Υπεύθυνη του έργου ήταν η αρχιτέκτων Παναγιώτα Τριμανδήλη-Μαγκάν, η οποία διαθέτει βαθιά γνώση και πολύχρονη εμπειρία στις αποκαταστάσεις μνημείων.

Η φάμπρικα είναι χτισμένη κυρίως από υλικά του χωριού, όπως μαρτυρούν οι πέτρες και οι αρμοί από κοκκινόχωμα, ενώ έχει κοινά αρχιτεκτονικά στοιχεία με άλλα παλαιά κτίρια στα χωριά της Κρήτης, όπως τα τοξωτά παράθυρα. Πολύ σπανιότερες σε κτίρια της ίδιας περιόδου είναι οι τρεις οξυκόρυφες καμάρες στην οροφή του κτιρίου, εμφανής επιρροή από την ενετική αρχιτεκτονική. Σε αυτές, καθώς και στα παράθυρα, τις πόρτες, τις γωνίες του κτιρίου και το τζάκι, έχουν χρησιμοποιηθεί μεγάλες πέτρες που μεταφέρονταν με κάρα από άλλες περιοχές των Χανίων. «Ενισχύσεις» έφτασαν και από τη Σαντορίνη, όπως το «σαντορινιό», μια ειδική κονία η οποία έχει αναμειχθεί με το κοκκινόχωμα στους αρμούς. Στα δύο αυτά υλικά αποδίδεται το αυξημένο κατασκευαστικό κόστος που εκτιμάται ότι είχε η φάμπρικα, καθώς και η -αποδεδειγμένη πλέον- ανθεκτικότητά της στον χρόνο.

Δεν είναι τυχαίο ότι το πέτρινο τζάκι, το οποίο εξυπηρετούσε λειτουργικές ανάγκες του ελαιοτριβείου, είχε διατηρηθεί σε άριστη κατάσταση. Αντίθετα, το ξύλινο πατάρι στο οποίο οι εργαζόμενοι του ελαιοτριβείου ξεκουράζονταν, είχε καταστραφεί ολοσχερώς. Αφού κατασκευάστηκε εκ νέου, μετατράπηκε σε (υπνο)δωμάτιο παλαιάς κρητικής κατοικίας — ένα από τα πιο όμορφα τμήματα του Μουσείου Ελιάς και Λαδιού.

Με την αποκατάσταση του κτιρίου και του πρωτογενούς εξοπλισμού του ελαιοτριβείου (τον ελαιόμυλο, το πιεστήριο και τον «εργάτη») αναβιώνει μια εξέχουσα πτυχή της ζωής στην Κρήτη και προσφέρεται στους επισκέπτες η δυνατότητα να δουν και να κατανοήσουν ένα σημαντικό στάδιο στο χρονικό της παραγωγής ενός πολύτιμου αγαθού.

Οι δύο δρόμοι που οδηγούν στο κτίριο προδιαθέτουν για την ιδιαίτερη εμπειρία που θα βιώσει ο επισκέπτης του Μουσείου Ελιάς και Λαδιού. Ο ένας ξεκινάει με την ξύλινη γέφυρα που βρίσκεται στην αριστερή άκρη της πλατείας του Βατολάκκου και διασχίζει το μικρό ποτάμι του, τον Βαλσαμιώτη. Στο τέλος της γέφυρας, ένα μονοπάτι οδηγεί στο Μουσείο μέσα από ένα πανέμορφο περιβόλι με λεμονιές. Προτού προβάλει η είσοδος του Μουσείου, τον επισκέπτη καλωσορίζει η διώροφη κατοικία δίπλα του, ένα κτίσμα της ίδιας αισθητικής και ιστορικής αξίας που έχει επίσης αναστηλωθεί. Το ισόγειο της κατοικίας είναι επίσης επισκέψιμο. Στο Μουσείο οδηγεί επίσης ένα υπέροχο πέτρινο καλντερίμι που σώζεται αιώνες τώρα σχεδόν ανέπαφο από τον χρόνο.